Yuya Wakamatsu föddes den 9 februari 1995 i Satsumasendai, på den sydligaste spetsen av den japanska huvudön Kyushu, i Kagoshima-prefekturen. Som en ung och något rebellisk tonåring flyttade han till Tokyo, där han anslöt sig till Tribe Tokyo MMA specifikt för att träna under Ryo ”The Piranha” Chonan – en före detta PRIDE-fighter och tvåfaldig DEEP-världsmästare vars smeknamn Wakamatsu senare själv skulle bära som en hyllning till sin mentor. Chonan blev mycket mer än en tränare för Wakamatsu: han stöttade honom genom personliga kriser, bland annat efter lagkamraten Iyori Akibas dödliga motorcykelolycka 2016, och uppmuntrade honom att lära sig engelska och utvecklas till en respekterad medlem av samhället.
Wakamatsu byggde upp sitt rykte genom Pancrase, där han 2016 vann den 22:a Pancrase Neo Blood-flugviktsturneringen, samt genom en tidig karriär med en imponerande segersvit på nio matcher, varav åtta via knockout. I ONE Championship mötte han en rad toppnamn i flugviktsdivisionen, däribland Demetrious Johnson, Danny Kingad och Adriano Moraes.
Höjdpunkten i hans karriär kom den 23 mars 2025 vid ONE 172, då han besegrade Adriano Moraes via TKO och för första gången erövrade ONE:s MMA-världstitel i flugvikt. Han försvarade titeln framgångsrikt mot Joshua Pacio vid ONE 173. Den 29 april 2026 förlorade Wakamatsu dock titeln via knockout mot Avazbek Kholmirzaev vid ONE SAMURAI 1, i den andra ronden efter 4:53. I stället för att dra sig tillbaka meddelade han att han skulle återta titeln. Den 12 september 2026 tar han vid ONE SAMURAI 3 i Yokohama sitt första steg tillbaka mot guldet mot Willie van Rooyen.