Yuya Wakamatsu wurde am 9. Februar 1995 in Satsumasendai an der Südspitze der japanischen Hauptinsel Kyushu in der Präfektur Kagoshima geboren. Als junger, etwas rebellischer Teenager zog er nach Tokio, wo er sich Tribe Tokyo MMA anschloss, um gezielt unter Ryo „The Piranha“ Chonan zu trainieren – einem ehemaligen PRIDE-Kämpfer und zweifachen DEEP-Weltmeister, dessen Spitznamen Wakamatsu später zu Ehren seines Mentors selbst tragen sollte. Chonan wurde für Wakamatsu zu weit mehr als einem Trainer: Er begleitete ihn durch persönliche Krisen, unter anderem nach dem tödlichen Motorradunfall seines Teamkollegen Iyori Akiba im Jahr 2016, und ermutigte ihn, Englisch zu lernen und sich zu einem respektierten Mitglied der Gemeinschaft zu entwickeln.
Wakamatsu baute sich seinen Ruf bei Pancrase auf, wo er 2016 das 22. Pancrase-Neo-Blood-Fliegengewichtsturnier gewann, sowie durch eine beeindruckende Siegesserie von neun Kämpfen zu Beginn seiner Karriere, von denen er acht durch K. o. gewann. Bei ONE Championship trat er gegen eine Reihe großer Namen der Fliegengewichtsklasse an, darunter Demetrious Johnson, Danny Kingad und Adriano Moraes.
Der Höhepunkt seiner Karriere kam am 23. März 2025 bei ONE 172, als er Adriano Moraes durch TKO besiegte und erstmals den ONE-MMA-Weltmeistertitel im Fliegengewicht gewann. Bei ONE 173 verteidigte er den Titel erfolgreich gegen Joshua Pacio. Am 29. April 2026 verlor Wakamatsu den Titel jedoch durch K. o. gegen Avazbek Kholmirzaev bei ONE SAMURAI 1, in der zweiten Runde bei 4:53. Statt sich zurückzuziehen, kündigte er seine Rückkehr zum Titel an. Am 12. September 2026 wagt er bei ONE SAMURAI 3 in Yokohama gegen Willie van Rooyen seinen ersten Schritt zurück zum Gold.