Yuya Wakamatsu nació el 9 de febrero de 1995 en Satsumasendai, en el extremo sur de la isla principal japonesa de Kyushu, en la prefectura de Kagoshima. De adolescente, algo rebelde, se mudó a Tokio, donde se unió a Tribe Tokyo MMA específicamente para entrenar bajo la tutela de Ryo «The Piranha» Chonan, antiguo luchador de PRIDE y dos veces campeón mundial de DEEP, cuyo apodo Wakamatsu adoptaría más tarde como homenaje a su mentor. Para Wakamatsu, Chonan se convirtió en mucho más que un entrenador: lo guio durante crisis personales, entre ellas después del fatal accidente de moto de su compañero de equipo Iyori Akiba en 2016, y lo animó a aprender inglés y a convertirse en un miembro respetado de la comunidad.
Wakamatsu forjó su reputación en Pancrase, donde ganó el 22.º torneo Pancrase Neo Blood de peso mosca en 2016, y durante una primera etapa de su carrera en la que encadenó una impresionante racha de nueve victorias, ocho de ellas por nocaut. En ONE Championship se enfrentó a varios de los grandes nombres de la división de peso mosca, entre ellos Demetrious Johnson, Danny Kingad y Adriano Moraes.
El punto culminante de su carrera llegó el 23 de marzo de 2025 en ONE 172, cuando derrotó a Adriano Moraes por TKO y conquistó por primera vez el título mundial de MMA de peso mosca de ONE. Defendió el título con éxito contra Joshua Pacio en ONE 173. Sin embargo, el 29 de abril de 2026 Wakamatsu perdió el título por nocaut ante Avazbek Kholmirzaev en ONE SAMURAI 1, en el segundo asalto a los 4:53. En lugar de retirarse, anunció su intención de recuperar el título. El 12 de septiembre de 2026, en ONE SAMURAI 3 en Yokohama, dará su primer paso de regreso hacia el oro contra Willie van Rooyen.
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