La federación dio sus primeros pasos en 1990, a partir de un grupo de empleados y deportistas del club de boxeo de Latsia, fundado el 21 de junio de 1982 con el entrenador Andreas Ioannou, y del club Krevgas, con el entrenador Charis Kalapodas. El club de Idalion fue el tercero en inscribirse en el Ministerio del Interior y en la organización deportiva chipriota KOA.
Los fundadores fueron Nikos Karapatakis, Andreas Ioannou, Alekos Alexandrou, Iosif Christodoulou, Andreas Argyrou, Charis Kalapodas y Andreas Karagiorgis. Estos tres clubes formaron el núcleo con el que la federación obtuvo, el 5 de julio de 1995, su certificado de registro con el número 1593; el 30 de octubre de 1995 se produjo su inscripción en el registro deportivo de la KOA con el número 389.
Entre 1990 y 1995, la federación no contó con recursos propios y los fundadores pagaron personalmente todo el trabajo y los gastos. La primera junta directiva estuvo formada por el presidente Nikos Karapatakis, el secretario Iosif Christodoulou, el tesorero Alekos Alexandrou y los vocales Andreas Karagiorgis y Andreas Ioannou.
Del 12 al 16 de diciembre de 1990, la federación organizó el sexto congreso ordinario de la Federación Europea de Boxeo EABA en Chipre, considerado por la federación uno de sus mayores éxitos. Con el apoyo, entre otros, del entonces presidente de la EABA, Emil Zjetsjev, y de la Federación Griega de Boxeo, se logró inscribir a Chipre en la EABA europea y en la federación mundial AIBA.