Yuya Wakamatsu werd geboren op 9 februari 1995 in Satsumasendai, in het zuidelijkste puntje van het Japanse hoofdeiland Kyushu, in de Kagoshima-prefectuur. Als jonge, wat opstandige tiener verhuisde hij naar Tokio, waar hij zich aansloot bij Tribe Tokyo MMA specifiek om te trainen onder Ryo “The Piranha” Chonan - een voormalig PRIDE-vechter en tweevoudig DEEP-wereldkampioen wiens bijnaam Wakamatsu later zelf zou dragen als eerbetoon aan zijn mentor. Chonan werd voor Wakamatsu veel meer dan een trainer: hij begeleidde hem door persoonlijke crises, onder meer na het dodelijke motorongeval van teamgenoot Iyori Akiba in 2016, en moedigde hem aan Engels te leren en zich te ontwikkelen tot een gerespecteerd lid van de gemeenschap.
Wakamatsu bouwde zijn reputatie op via Pancrase, waar hij in 2016 het 22e Pancrase Neo Blood Vlieggewicht-toernooi won, en via een vroege carrière met een indrukwekkende negen-gevechten-winstreeks, waarvan acht via knock-out. Bij ONE Championship vocht hij tegen een reeks topnamen in de vlieggewichtdivisie, onder wie Demetrious Johnson, Danny Kingad en Adriano Moraes.
De climax van zijn carrière kwam op 23 maart 2025 bij ONE 172, toen hij Adriano Moraes via TKO versloeg en voor het eerst de ONE Vlieggewicht MMA-wereldtitel veroverde. Hij verdedigde de titel met succes tegen Joshua Pacio bij ONE 173. Op 29 april 2026 verloor Wakamatsu de titel echter via knock-out tegen Avazbek Kholmirzaev bij ONE SAMURAI 1, in de tweede ronde op 4:53. In plaats van zich terug te trekken, kondigde hij een titelreclamatie aan. Op 12 september 2026 zet hij bij ONE SAMURAI 3 in Yokohama zijn eerste stap terug naar goud tegen Willie van Rooyen.