Yuya Wakamatsu est né le 9 février 1995 à Satsumasendai, à l’extrémité sud de l’île principale japonaise de Kyushu, dans la préfecture de Kagoshima. Adolescent quelque peu rebelle, il s’est installé à Tokyo, où il a rejoint Tribe Tokyo MMA spécifiquement pour s’entraîner sous la direction de Ryo « The Piranha » Chonan — ancien combattant de la PRIDE et double champion du monde de la DEEP, dont Wakamatsu reprendrait plus tard le surnom en hommage à son mentor. Pour Wakamatsu, Chonan est devenu bien plus qu’un entraîneur : il l’a accompagné durant des crises personnelles, notamment après l’accident de moto mortel de son coéquipier Iyori Akiba en 2016, et l’a encouragé à apprendre l’anglais et à devenir un membre respecté de la communauté.
Wakamatsu s’est forgé une réputation au Pancrase, où il a remporté en 2016 le 22e tournoi Pancrase Neo Blood des poids mouches, ainsi qu’au cours d’un début de carrière marqué par une impressionnante série de neuf victoires, dont huit par KO. Au ONE Championship, il a affronté plusieurs grands noms de la division des poids mouches, notamment Demetrious Johnson, Danny Kingad et Adriano Moraes.
Le point culminant de sa carrière est survenu le 23 mars 2025 lors de ONE 172, lorsqu’il a battu Adriano Moraes par TKO et remporté pour la première fois le titre mondial ONE de MMA des poids mouches. Il a défendu son titre avec succès contre Joshua Pacio lors de ONE 173. Le 29 avril 2026, Wakamatsu a toutefois perdu son titre par KO face à Avazbek Kholmirzaev lors de ONE SAMURAI 1, au deuxième round à 4 min 53 s. Plutôt que de se retirer, il a annoncé son intention de reconquérir le titre. Le 12 septembre 2026, lors de ONE SAMURAI 3 à Yokohama, il fera son premier pas vers un nouveau titre face à Willie van Rooyen.