La fédération a fait ses premiers pas en 1990, à partir d'un groupe de collaborateurs et de sportifs du club de boxe de Latsia, fondé le 21 juin 1982 avec l'entraîneur Andreas Ioannou, et du club Krevgas avec l'entraîneur Charis Kalapodas. Le club d'Idalion fut le troisième à être enregistré auprès du ministère de l'Intérieur et de l'organisation sportive chypriote KOA.
Les fondateurs étaient Nikos Karapatakis, Andreas Ioannou, Alekos Alexandrou, Iosif Christodoulou, Andreas Argyrou, Charis Kalapodas et Andreas Karagiorgis. Ces trois clubs formèrent le noyau grâce auquel la fédération obtint, le 5 juillet 1995 son certificat d'enregistrement portant le numéro 1593 ; le 30 octobre 1995, elle fut inscrite au registre sportif de la KOA sous le numéro 389.
Entre 1990 et 1995, la fédération ne disposait d'aucun moyen propre et les fondateurs prirent eux-mêmes en charge l'ensemble des activités et des frais. Le premier conseil d'administration était composé du président Nikos Karapatakis, du secrétaire Iosif Christodoulou, du trésorier Alekos Alexandrou, ainsi que des membres Andreas Karagiorgis et Andreas Ioannou.
Du 12 au 16 décembre 1990, la fédération organisa le sixième congrès ordinaire de la Fédération européenne de boxe EABA à Chypre, ce qui constitua, selon la fédération, l'un de ses plus grands succès. Avec le soutien, entre autres, du président de l'EABA de l'époque, Emil Zjetsjev, et de la Fédération grecque de boxe, elle parvint à faire inscrire Chypre auprès de l'EABA européenne et de la fédération mondiale AIBA.