Yuya Wakamatsu blev født den 9. februar 1995 i Satsumasendai på det sydligste punkt af Japans hovedø Kyushu i Kagoshima-præfekturet. Som ung og lidt oprørsk teenager flyttede han til Tokyo, hvor han sluttede sig til Tribe Tokyo MMA specifikt for at træne under Ryo “The Piranha” Chonan – en tidligere PRIDE-kæmper og dobbelt DEEP-verdensmester, hvis kælenavn Wakamatsu senere selv skulle bære som en hyldest til sin mentor. Chonan blev meget mere end en træner for Wakamatsu: Han støttede ham gennem personlige kriser, blandt andet efter holdkammeraten Iyori Akibas dødelige motorcykelulykke i 2016, og opmuntrede ham til at lære engelsk og udvikle sig til et respekteret medlem af samfundet.
Wakamatsu opbyggede sit ry gennem Pancrase, hvor han i 2016 vandt den 22. Pancrase Neo Blood-fluevægtsturnering, samt gennem en tidlig karriere med en imponerende sejrsrække på ni kampe, hvoraf otte blev vundet på knockout. I ONE Championship mødte han en række topnavne i fluevægtsdivisionen, herunder Demetrious Johnson, Danny Kingad og Adriano Moraes.
Højdepunktet i hans karriere kom den 23. marts 2025 ved ONE 172, hvor han besejrede Adriano Moraes via TKO og for første gang erobrede ONE-verdensmesterskabet i fluevægts-MMA. Han forsvarede titlen med succes mod Joshua Pacio ved ONE 173. Den 29. april 2026 mistede Wakamatsu dog titlen efter knockout mod Avazbek Kholmirzaev ved ONE SAMURAI 1 i anden omgang efter 4:53. I stedet for at trække sig annoncerede han, at han ville generobre titlen. Den 12. september 2026 tager han ved ONE SAMURAI 3 i Yokohama sit første skridt tilbage mod guldet mod Willie van Rooyen.