Yuya Wakamatsu ble født 9. februar 1995 i Satsumasendai, på det sørligste punktet av Japans hovedøy Kyushu, i Kagoshima-prefekturet. Som en ung og noe opprørsk tenåring flyttet han til Tokyo, der han begynte i Tribe Tokyo MMA for spesifikt å trene under Ryo «The Piranha» Chonan – en tidligere PRIDE-utøver og to ganger DEEP-verdensmester hvis kallenavn Wakamatsu senere selv skulle ta i bruk som en hyllest til mentoren sin. Chonan ble langt mer enn en trener for Wakamatsu: Han veiledet ham gjennom personlige kriser, blant annet etter lagkameraten Iyori Akibas dødelige motorsykkelulykke i 2016, og oppmuntret ham til å lære engelsk og utvikle seg til et respektert medlem av lokalsamfunnet.
Wakamatsu bygget opp ryktet sitt gjennom Pancrase, der han vant den 22. Pancrase Neo Blood-fluevektsturneringen i 2016, og gjennom en tidlig karriere med en imponerende seiersrekke på ni kamper, hvorav åtte endte med knockout. I ONE Championship møtte han en rekke toppnavn i fluevektdivisjonen, blant andre Demetrious Johnson, Danny Kingad og Adriano Moraes.
Høydepunktet i karrieren kom 23. mars 2025 under ONE 172, da han beseiret Adriano Moraes via TKO og for første gang vant ONEs verdensmesterskap i MMA i fluevekt. Han forsvarte tittelen med suksess mot Joshua Pacio under ONE 173. 29. april 2026 mistet Wakamatsu imidlertid tittelen etter knockout mot Avazbek Kholmirzaev under ONE SAMURAI 1, i andre runde ved 4:53. I stedet for å trekke seg tilbake kunngjorde han at han ville gå etter tittelen på nytt. 12. september 2026 tar han sitt første steg tilbake mot gullet under ONE SAMURAI 3 i Yokohama mot Willie van Rooyen.