Yuya Wakamatsu urodził się 9 lutego 1995 roku w Satsumasendai, na południowym krańcu japońskiej wyspy Kiusiu, w prefekturze Kagoshima. Jako młody, nieco buntowniczy nastolatek przeprowadził się do Tokio, gdzie dołączył do Tribe Tokyo MMA, aby trenować pod okiem Ryo „The Piranha” Chonana — byłego zawodnika PRIDE i dwukrotnego mistrza świata DEEP, którego pseudonim Wakamatsu później przyjął na cześć swojego mentora. Chonan stał się dla Wakamatsu kimś znacznie więcej niż trenerem: wspierał go podczas osobistych kryzysów, między innymi po śmiertelnym wypadku motocyklowym członka zespołu Iyoriego Akiby w 2016 roku, oraz zachęcał go do nauki angielskiego i rozwoju jako szanowanego członka społeczności.
Wakamatsu zbudował swoją reputację w organizacji Pancrase, gdzie w 2016 roku wygrał 22. turniej Pancrase Neo Blood w wadze muszej, a także dzięki imponującej serii dziewięciu zwycięstw na początku kariery, z których osiem odniósł przez nokaut. W ONE Championship walczył z szeregiem czołowych zawodników dywizji muszej, w tym z Demetriousem Johnsonem, Dannym Kingadem i Adrianem Moraesem.
Punktem kulminacyjnym jego kariery była gala ONE 172, która odbyła się 23 marca 2025 roku. Wakamatsu pokonał wówczas Adriana Moraesa przez TKO i po raz pierwszy zdobył tytuł mistrza świata ONE w wadze muszej MMA. Z powodzeniem obronił pas w walce z Joshuą Pacio podczas ONE 173. Jednak 29 kwietnia 2026 roku na gali ONE SAMURAI 1 Wakamatsu stracił tytuł przez nokaut w walce z Avazbekiem Kholmirzaevem, w drugiej rundzie, w czasie 4:53. Zamiast się wycofać, zapowiedział walkę o odzyskanie tytułu. 12 września 2026 roku podczas ONE SAMURAI 3 w Jokohamie rozpocznie drogę powrotną po złoto, mierząc się z Williem van Rooyenem.